Sistem endokrin janin telah bekerja sebelum system saraf mencapai maturitas. Kelenjar hipofisis anterior mempunyai 5 jenis sel yang mengeluarkan 6 hormon, yaitu
1) Laktotrop, yang menghasilkan prolaktin.
2) Somatotrop, yang menghasilkan hormone pertumbuhan (GH).
3) Kortikotrop, yang menghasilkan kortikotropin (ACTH).
4) Tirotrop, yang menghasilkan TSH.
5) Gonadotrop, yang menhasilkan LH, FSH.
Pada kehamilan 7 minggu sudah dapat diketahui produksi ACTH, dan menjelang 17 minggu semu hormone sudah dihasilkan. Hipofisis juga menghasilkan endorphin.
Nerohipofisis juga sudah berkembang pada usia 10 – 12 minggu sehingga oksitosim dan AVP (arginine vasopressin) sudah dapat dihasilkan. AVP diduga berfungsi mempertahankan air terutama di dalam paru dan plasenta.
Ada lobus intermediet hipofisis janin yang mengecil saat aterm dan kemudian menghilang pada dewasa; kelenjar tersebut menghasilkan alpha melanosit stimulating hormone (MSH) dan endorphin.
Kelenjar tiroid janin telah berfungsi pada usia 10 – 12 minggu. Plasenta secara aktif memasok jodium pada janin yang terus meningkat selama kehamilan, bahkan kadar TSH lebih tinggi drai kadar dewasa, tetapi T3 dan total tiroid lebih rendah. Ini menunjukkan bahwa hipofisis tidak sensitif terhadap umpan balik.